斑点马鲛种群的遗传多样性

来源:华文易迅 时间:2023-08-28 09:00:03

斑马鲛属是一种暖水鱼类，是我国南海区一种重要经济鱼类。斑点马鲛种群的遗传多样性目前尚未见相关研究报告。作为mtDNA序列和长度变化最大的区域，线粒体DNA控制区被广泛地应用于鱼类种群遗传研究。通过PCR扩增和序列测定，对南海斑点马鲛种群的部分基因序列进行了PCR扩增和序列测定，以期为在南海地区制定斑点马鲛鱼种群遗传多样性提供科学依据。

1物质与方法。

1.1试样：斑点马鲛2007年6月取自广州，冰冻或新鲜样品带回实验室，95.0%酒精中保存背肌。

1.2采用传统的方法(酚/氯仿萃取)从肌肉组织中提取基因组DNA，将提取DNA溶解在超纯水中，置4oC保存。扩展控制区域所用的扩展引物是：DL-:5'-CTGGAAAGAACGCCCGCATG-3'。反应体积为50mmol/LKCl、10mmol/LTris-HCl的PCR体积。pH8.3,dNTP200μmol/L,MgCl21.5mmol/LExTaq酶1.25units，引物0.2mmol/L，模板DNA1μL，加杀菌蒸馏水至25μL。PCR反应在EppendorfMastercycler5333扩增器中完成。PCR反应条件为：94℃预变性3min，共40次循环，每个循环为94℃45s、50℃45s、72℃1min、72℃延展10min。对上述反应进行阴性对照检测，以确定DNA污染程度。用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测1μL扩增产物。利用上海桑尼生物科技有限公司(ABI公司3730型全自动序列分析仪)，将PCR产物用ABI公司3730型全自动序列分析仪对PCR产物进行纯化。

1.3资料分析采用DNASTAR软件分类，并与人工校正相结合。该软件通过MEGA(molecularevolutionarygeneticsanalysis,Kumar等，1993)统计了测序的碱基组成，并计算不同个体之间的遗传距离，并建立NJ体系树。使用DNASP软件(DNASequencesPolymorphism)软件(HD).核苷酸多样性(Pi).遗传多样性参数，如平均核苷酸差异数(K)。

2　结果

2.1目的片断的PCR扩增和序列测定试验中，共检测了斑点马鲛19个个体的mtDNAD-loop片段，它的碱性序列为514bp，C.A.T.C.G4种碱基含量19人(35.5%-35.8%).30.6%(30.1%-30.9%).14.5%(19.1%-19.7%).14.5%(14.2%-15.0%)，AT含量(66.1%)高于GC(33.9%)，且其碱基平均含量与蓝点马鲛相当。mtDNA-loop基因的AT含量(66.1%)与蓝点马鲛(68.2%).太平洋鲭鱼D-loop基因的AT含量(63.8%)非常接近，它还反映了脊椎动物mtDNAD-loop的碱基组成特征。

2.2在19条斑斑马鲛-1oop序列中分布的31个变异位点，见表1。而最简单的信息位点8个，分别位于18.24.80.196.217.277.384.442位，余下的23个是单态信息位点。在表格中还可以看到，除了2、8条鱼的序列相同之外，有19个个体的序列并不完全相同，即19个个体有18个单倍型，有0.994种，核苷酸多样性度为0.00798。长度514bp的核苷酸序列中有3个碱基插入(24.180.494)，20个位点(A-G.C-T)5个颠移位点(位点8.34.282.488.491)和3个变换和反转同时存在(位点197.198.483)。

2.3利用MEGA2软件进行斑点马鲛不同个体的遗传距离利用D-loop序列，计算出19个个体的Kimura遗传距离，以及19个个体中，除SG2与SG8的遗传距离为0.0000外，其它2个个体的遗传距离均不超过0.000。结果表明，SG.12个个体中，SG.12和SG.14基因距离最大的基因距离为0.0179,19个个体间的碱基差异值在0~9。

19条长斑马鲛D-loop序列中表1变异位点分布。

2.3NJ系统树的建立是由19个个体控制区域组成的NJ系统树，分别显示在图1中。由这两种方法得出的系统树具有相似的拓扑结构，其中19个个体组成两个分支。线粒体DNA为母系遗传，可以推测这一群体中有19个可能来自两个不同的母系祖先。

图1由控制区域序列得到的NJ系统树。

3　讨论

结果表明，19个蓝点马鲛的单倍型有18种，其单倍型多样性为0.994，核苷酸的多样性程度为0.00798。从控制区域序列中得到的种群遗传多样性参数和个体间的遗传距离均表明，斑点马鲛南海水域种群的遗传多样性十分丰富。这一方面与物种差异有关；另一方面，斑点马鲛生境的多样性.活动范围也很广。由于斑点马鲛在南海海域广泛分布，且在南海海域进行长距离洄游活动。另外，与其他增养鱼如梭鱼不同，斑纹马鲛并未因种苗培育而受到近交等因素的影响，因此具有丰富的遗传多样性。在遗传学上，一个物种的遗传多样性与它的适应性、生存能力和进化潜力有很大关系。一个物种的遗传多样性越丰富，其进化的潜力也越大，或者说它为物种的进化提供了潜在的原料储备。物种的适应能力下降，对物种的适应能力下降，甚至威胁到物种的生存。近几年来，由于盲目扩大流网数量，当年小鱼在秋后被大量拖捕，导致鱼体小型化.渔获构成低龄化，严重损害幼鱼资源，造成不稳定。种质资源长期保持不变，严重影响种质资源的稳定性。为此，应在保持现有遗传多样性的基础上，采取有效措施，对斑纹马鲛种资源进行合理保护，实现资源的可持续利用。